在程序上，立法增加了有关的核定程序、预约定价安排、补征税款、加收利息等条款以及纳税企业所承担的提供纳税资料和关联业务往来报告表等协力义务，从而有效地强化了反避税措施，使得反避税规范形成体系化，有利于防范和制止避税行为，维护国家利益。
七、统一企业所得税的税收征管制度
企业所得税的征管是纳税主体与征税主体权利实现与义务履行的程序保障。《企业所得税法》在保证法律的稳定性、连续性的同时，针对企业所得税征管特点，既注重内资企业与外资企业在法律适用上的一致性，又重视法律条文的简洁性、明确性、实用性、涵盖性。不仅体现了立法技术的进步，而且将法律变动的灵活性与法律实施的具体情况结合起来，有利于更好的配合企业所得税实体法部分的施行。
在原企业所得税制度中，内、外资企业纳税地点存在较大差异。《企业所得税法》首先明确了居民企业的纳税地点为企业登记注册地，如登记注册地在境外的，则以实际管理机构所在地为纳税地点。对非居民企业取得《企业所得税法》第3条第2款所规定所得的，则以机构、场所所在地为纳税地点。非居民企业在中国境内设立两个或者两个以上机构、场所的，经税务机关审核批准，可以选择由其主要机构、场所汇总缴纳企业所得税。非居民企业取得《企业所得税法》第3条第3款规定的所得，以扣缴义务人所在地为纳税地点。对总、分支机构的所得纳税地点，立法明确规定，居民企业在中国境内设立不具有法人资格营业机构的，应当汇总计算、缴纳企业所得税。
《企业所得税法》原则上持否定态度，除国务院另有规定外，企业之间不得合并缴纳企业所得税，主要是因为企业之间合并缴纳企业所得税存在诸多弊端。首先，集团内所有公司必须使用相同的纳税年度，并且选择合并纳税方式后就很难在以后年度更改。其次，在一定程度上会影响国家的税收收入，也容易使企业有意识地进行税收筹划，逃避同家税收。再次，由于合并纳税在技术处理上比较复杂，需要辅之以先进的监控审核手段，有可能会增加税收成本。针对这种情况，《企业所得税法》原则上不允许采取企业间合并缴纳企业所得税。
原企业所得税制度对总、分支机构的税地点规定混乱，造成了企业纳税不便，且各地税务机关对分支机构征税存在诸多争议。[11]《企业所得税法》明确规定居民企业在中国境内设立的不具有法人资格的所有营业机构，应当汇总计算、缴纳企业所得税。非居民企业在中国境内设立两个或者两个以上机构、场所的，经税务机关审核批准，可以选择由其主要机构、场所汇总缴纳企业所得税。对于独立企业而言，只有经过国务院批准才能汇总缴纳企业所得税。
除此以外，企业所得税法对纳税年度的起算时间、企业所得税的纳税方式以及企业终止经营活动后的汇算清缴等做出明确的规定。
八、建立本土化的企业的信赖利益保护制度
信赖保护原则是德国行政法的基本原则。[12]信赖利益保护在税法上应得到承认和实施，即应在适当的范围内保护纳税人的信赖利益。在税收征收实践中，纳税人基于善意的动机有理由相信税务机关所为的某些行为会产生相应的法律后果；据此，纳税人实施了相应的行为，在此情况下，尽管事实上纳税人的行为与税务机关的要求不符，基于纳税人的主观善意仍然得承认其据此所获得相应利益。[13]《企业所得税法》实施后，对内、外资企业税负均有重大影响，尤其是依据原企业所得税制度享有税收优惠的企业。因此，对外资的税收优惠必须实行“老企业老办法，新企业新办法”。为实现新、旧企业所得税制度的衔接，保持现行企业所得税优惠政策的连续性，对于在新法生效之前成立的外资企业，可以继续享受当前的税收优惠政策，直到优惠期满。《企业所得税法》第57条规定，对企业所得税法公布前已经批准设立的企业，依照当时的税收法律、行政法规规定，享受低税率优惠的，在本法施行后5年内，逐步过渡到《企业所得税法》规定的税率；享受定期减免税优惠的，在《企业所得税法》施行后可以继续享受直到期满为止，但因未获利而尚未享受优惠的，优惠期限从《企业所得税法》施行年度起计算。法律设置的发展对外经济合作和技术交流的特定地区内，以及国务院已规定执行地区特殊政策的地区内设立的国家需要重点扶持的高新技术企业，可以享受过渡性优惠；国家已确定的其他鼓励类企业，可以按照国务院规定享受减免税优惠。
法不溯及既往是法治的基本原则，也是WTO基本原则。税法禁止溯及继往是针对税法实施前的交易和行为，而不是税法施行之前取得市场主体资格的纳税人。诚如日本学者金子宏的观点，“就过去的事实和交易所产生的纳税义务这一内容，对纳税人有利的变更，其溯及立法是被承认的。但是。对纳税人不利的变更，其溯及立法原则上是不允许的”[14]。因此，纳税人按照《企业所得税法》执行，并不是溯及企业继往的交易和行为，也不是对法律实施前的交易行为产生的所得按照新的立法征税，并没有违反税法的禁止溯及继往原则。同时《企业所得税法》第57条第一款规定的过渡性优惠政策只是税率和减免税的过渡，企业所得税的成本、费用以及应纳税所得额的核算，还是依据新规定执行。而从法律的事实来看，过渡期的规定是防止原享有税收优惠的企业的实际税负水平在《企业所得税法》颁布后发生大幅度的增加的必然要求。这也有利于给外资企业以缓冲期，以便减轻“两法合并”对外资企业所造成的巨大冲击，同时可以在一定程度上实现税法的稳定性，保护企业的信赖利益。
企业所得税法律制度改革作为我国财税法律制度完善的重要环节，一方面体现了我国既有的积极稳妥的渐进式方案，而这种渐进式改革是符合我国国情的，且有利于政策的连续性、保证新机制的平稳确立，实现“积极改革、平稳转换”的目的；另一方面，在渐进式的税制改革方式下，《企业所得税法》在若干重要的制度方面实现了突破和国际接轨，不仅有利于推进企业所得税制度的完善和平等竞争的税收法治的构建，同时还对我国整体产业结构和区域经济均衡发展起到促进作用。而《企业所得税法》的立法本身也为我国财税立法的改革提供了经验借鉴的模式，其制度创新的影响是深远的。
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